Dzięki systemowi dla drukarń Atom DRUK można definiować różne metody transportu w kraju i za granicą. Prócz zdefiniowania wariantów transportu, Atom DRUK pozwala na określenie warunków wpływających na jego cenę (np. określamy od jakiego poziomu pewien określony kanał wysyłki będzie tańszy, a od jakiego darmowy). Mamy też możliwość definiowania dla każdego obsługiwanego kraju odrębnych kanałów wysyłki, dzięki czemu w precyzyjny sposób można dobierać optymalnych przewoźników i oszacować koszty transportu. W razie potrzeby możliwe jest także określenie kosztu transportu w oparciu o szacunkową wagę zamówienia.

Dostępność niektórych form transportu może być ograniczona ze względu na problematyczność wybranych produktów (jak na przykład szklane tafle). Jeśli wymiary opakowania produktu na to pozwolą, rozwiązaniem dla zrealizowania przesyłki krajowej są paczkomaty InPost. Atom ERP może być zintegrowany z firmą InPost jak i z innymi firmami transportowymi. Jeśli chodzi o płatności online, Atom Druk może obsługiwać płatności z Przelewy24, PayU i DotPay (na życzenie możemy zintegrować inne kanały).